Quando o aplicativo comum é suficiente
Para negócios com poucos atendentes, volume de conversas administrável e necessidade de automações simples, o WhatsApp Business comum costuma resolver bem, com custo mínimo de implantação.
Quando migrar para a API
A migração faz sentido quando o volume de conversas exige mais de um atendente ao mesmo tempo, quando é preciso integrar o WhatsApp ao CRM ou a sistemas internos, ou quando mensagens transacionais (confirmações, lembretes, notificações) precisam ser disparadas automaticamente em escala.
O que muda na prática
Na API não existe um aplicativo de conversa próprio: o atendimento acontece por um sistema integrado (CRM, central de atendimento ou chatbot), o número fica vinculado a um provedor autorizado e mensagens fora da janela de 24 horas de atendimento seguem regras específicas de template.

